Primer Design
پرایمرها مهمترین جزء در واکنش های PCR هستند. اگر طراحی و سنتز پرایمرها مشکلی داشته باشد، دو حالت ایجاد می شود: 1. واکنش PCR انجام نمی شود 2. واکنش PCR اشتباه انجام می شود. بنابراین طراحی پرایمر اولین مرحله انجام مطالعه دقیق مولکولی محسوب می شود و از اهمیت بسیار زیادی برخوردار است.
همانطور که می دانید واکنش PCR در محیط In Vitro برای تکثیر قسمتی از DNA انجام میشود. بنابراین برای بررسی مولکولی با اختصاصیت و حساسیت بالا، دسترسی به توالی دقیق و بدون نقص DNA از مسائل مهم و ریشه ای در طراحی پرایمر می باشد.
اصول طراحی پرایمر
Gene Data Base
طراحی پرایمر دو روش دارد:
1. آفلاین
2. آنلاین
برای مشخص کردن طول پرایمر بر روی صفحه Ctrl+D را روی کیبورد فشار داده تا صفحه تعیین طول پرایمر باز شود. طول پرایمر را انتخاب و تایید می کنیم.
روی توالی های آبی رنگ دبل کلیک کنید تا صفحه پایین باز شود که نشان دهنده TM پرایمرها می باشد. ناحیه خاکستری رنگ در شکل زیر نشان دهنده این است که بهترین نقطه برای شروع پرایمر نوکلئوتیدهایی هستند که در این قسمت قرار دارند.
پس از انتخاب نوکلئوتید مورد نظر که در TM و طول مناسب بود، پرایمر انتخاب شده باید مورد بررسی قرار گیرد تا پرایمردایمر و ساختار سنجاق سری نداشته باشد. بنابراین مسیر مشخص شده در شکل زیر را ادامه می دهیم.
ساختارهای مناسب برای انتخاب پرایمر: همانطور که در شکل مشخص است، در سر 3 پریم پرایمر دو نوکلئوتید با هم جفت شده اند. این حالت برای طراحی پرایمر مناسب است. ولی اگر این جفت شدن از چهار نوکلئوتید بیشتر بود مناسب نمی باشد.
این ساختار هم مثل قبلی مورد تایید است. زیرا سر 3 پریم پرایمر دو نوکلئوتید با هم جفت شده اند. همانطور که در شکل قبل و این شکل مشخص است، هر دو حالت مورد تاییدهستند و هیچ گونه ساختار سنجاق سری (در شکل مشخص شده) تشکیل نمی دهند.
ساختارهای نامناسب برای انتخاب پرایمر: همانطور که در شکل مشخص است، در سر 3 پریم پرایمر ساختار مناسبی وجود ندارد. همچنین ساختار سنجاق سری تشکیل می دهد که در شکل ساختارهای نامناسب مشخص شده است.
