آموزش سایت NCBI
NCBI مخفف (National center for Biotechnology Infirmation) یا مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری در سال ۱۹۸۸ به دستور سنای آمریکا یکی از مراکز و شاخه های کتابخانه ملی پزشکی امریکا است. NCBI زیر مجموعه موسسه ملی سلامت NIH قرار دارد. این مرکز در مریلند قرار دارد. در این مرکز ابزار و پایگاه داده هایی مثل: Nucleotide، SNP، Gene، PubMed، Genome و BLAST اداره می شود. ماموریت NCBI گسترش تکنولوژهای اطلاعات جدید به منظور کمک به درک فرایندهای مولکولی و ژنتیک و کنترل سلامت و بیماری به عنوان یک منبع ملی برای اطلاعات مربوط به زیست شناسی مولکولی می باشد.
پایگاه اطلاعاتی NCBI به آدرس https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ می باشد. که در شکل زیر مشخص است.
مقدمه ای بر اطلاعات موجود در پایگاه NCBI
ماهانه بیش از 3 ميليون توالي و چند هزار گونه جديد به اين بانک اطلاعاتي افزوده مي گردد، به طوري که تقريباً هر سال حجم اطلاعات آن دو برابر مي شود.
شماره الحاق Refseq یا NCBI Reference Sequences از استانداردهای تعیین شده توسط ,INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) پیروی نمی کند.
فرمول مشخصاتی دارای یک شکل مجزا از:
2 حرف + خط زیر + 6 رقمی است. مانند: (NG_049158)
از آنجایی که سایت NCBI بسیار گسترده است و آموزش کلی آن بسیار طولانی است، به تعدادی از کاربردهای اصلی آن پرداخته می شود:
Assembly: بانک اطلاعاتی در مورد ساختار ژنوم های مونتاژ شده در پرونده AGP یا مجموعه ای از توالی کامل کروموزوم ها را ارائه می دهد. این پایگاه داده یک شماره دسترسی مجمع نسخه را فراهم نموده، که تغییرات را در مجامع دنبال می کند. زیرا با ارسال گروه ها، به مرور زمان به روز می شوند.
Biocollections: بانک اطلاعات Biocollections مجموعه ای از داده های داده شده برای مجموعه های فرهنگی، موزه ها، herbaria و سایر مجموعه های تاریخ طبیعی است، که به Genbank متصل است. این گروه توسط طبقه بندی در مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی NCBI نگهداری و تنظیم می شود.
Gene: ژن اطلاعات مربوط به طیف گسترده ای از گونه ها را ادغام می کند. یک رکورد ممکن است شامل: نامگذاری، توالی های مرجعRefSeqs ، نقشه ها، مسیرها، تغییرات، فنوتیپ ها و پیوندهای مربوط به ژنوم، فنوتیپ و منابع خاص منبع در سراسر جهان باشد.
Genome: منابع ژنومNCBI شامل اطلاعات مربوط به پروژه های ژنومیک در مقیاس بزرگ، توالی ژنوم ها و مجامع و حاشیه نویسی نقشه برداری شده مانند: تغییرات، نشانگرها و داده های حاصل از مطالعات اپی ژنتیک است.
Nucleotide: بانک اطلاعاتی Nucleotide مجموعه ای از سکانس های مختلف از منابع مختلف از جمله GenBank ، RefSeq ، TPA و PDB است. داده های توالی ژنوم، ژن و رونوشت پایه و اساس تحقیقات و کشفهای زیست پزشکی را فراهم می کند.
PubMed: PubMed شامل بیش از 30 میلیون استناد برای ادبیات زیست پزشکی از MEDLINE، مجلات علوم زندگی و کتابهای آنلاین است. نقل قول ها می توانند شامل پیوندهایی به محتوای کامل متن از وب سایت های PubMed Central و ناشر باشند.
SNP:dbSNP شامل تغییرات تک نوکلئوتیدی انسانی، میکروستلایت ها، حذف ها و حذف های در مقیاس کوچک به همراه انتشار، فرکانس جمعیت، پیامد مولکولی و اطلاعات نقشه برداری ژنومی و RefSeq برای هر دو تغییرات شایع وجهش های بالینی است.
GenBank:یک بانک اطلاعاتی جامع است، که حاوی توالی های نوکلئوتیدی در دسترس عموم برای تقریباً 260.000 گونه رسماً توصیف شده است.
BLAST (The Basic Local Alignment Search Tool): مناطقی از شباهت محلی بین توالی ها را پیدا می کند.
Gene: نام ژن مورد نظر را در قسمت مشخص شده وارد کرده و گزینه Search را زده و از صفحه زیر انتخاب می نماییم.